Parafia pw. Trójcy Świętej powstała w 1945 roku (przy katedrze). Klasztoru erygowano w 1962 roku. Odpust obchodzony jest w niedzielę uroczystości Trójcy Świętej.
Gwardianem klasztoru i proboszczem parafii jest o. Tomasz Ryłko.
Rys historyczny klasztoru w Kwidzynie
Kwidzyn, miasto położone na prawym brzegu Wisły, z monumentalnym zamkiem krzyżackim, wybudowanym w latach 1234-1235, otrzymał prawa miejskie w 1236 roku. W XIV wieku przy zamku wybudowano gotycką katedrę dla Biskupstwa Pomezańskiego.
W czasie frontu w 1945 roku cała starówka Kwidzyna została doszczętnie spalona. Ostały się tylko katedra i zamek, gdyż tu wojska sowieckie urządziły swoje magazyny.
Już w czerwcu 1945 roku przybyli tu franciszkanie. Przyznano im pastorówkę, a w końcu lipca, po zlikwidowaniu magazynów w katedrze, przekazano im również i katedrę. Po jej oczyszczeniu po wojsku sowieckim dokonano poświęcenia 4 września 1945 roku. Przez 48 lat gospodarowania katedrą, która nosi tytuł św. Jana Ewangelisty, franciszkanie zabiegali o jej remonty i upiększenie.
14 sierpnia 1962 roku został kanonicznie erygowany klasztor OO. Franciszkanów, a 5 sierpnia 1972 roku erygowano przy katedrze parafię.
Po utworzeniu diecezji elbląskiej franciszkanie przekazali katedrę na własność nowej diecezji, obejmując w zamian parafię i kościół Świętej Trójcy w centrum miasta (odbyło się to 4 lipca 1993 roku).
Parafia Świętej Trójcy liczy około 8 tysięcy wiernych. Kościół jest murowany, trzynawowy, i posiada na froncie dwie wieże. Przy kościele są plebania, wikarówka i salki parafialne. Wszystkie te budynki oprócz kościoła wymagały generalnego remontu, a niektóre rozbiórki. W ciągu ostatnich kilku lat wybudowano tu nowy budynek klasztorny.